En 1972, Misaki, une élève de la troisième 3, est décédée. Cette jeune fille, étudiante studieuse et sportive était admirée de tous ses camarades de classe. Après sa mystérieuse mort, ces derniers décidèrent d’agir comme si Misaki était toujours parmi eux et ceci, jusqu’à la fin du lycée. En 1998, un jeune garçon du nom de Kôichi Sakakibara est transféré dans cette même classe. Il y rencontre une atmosphère mystérieuse et des élèves apeurés. Sa curiosité est éveillée par une adolescente étrange, portant un bandeau sur l’œil et à qui personne ne parle. Son nom est Misaki…

Alors qu’il sèche les cours, Takashi assiste, impuissant, à l’invasion de son lycée par ce qui semble être des morts-vivants. Réussissant à former un petit groupe de survivants, incluant Reï, son amie d’enfance, il tente d’échapper à la contamination, mais se rend vite compte que le monde entier est touché. Commence alors une longue bataille pour sa survie et celle de ses nouveaux camarades dans une ville de Tôkyô infestée de zombies.

La saga gira alrededor de la Academia Hanzō, una institución de educación secundaria en la que se entrena secretamente a un selecto grupo de chicas en el arte del ninjitsu. Las tramas principales se centran en cinco aprendices de ninja: Asuka, Ikaruga, Katsuragi, Yagyuu y Hibari, y cómo completan misiones y luchan contra ninjas rivales.

L’établissement Fumizuki est une école très particulière qui répartit ses élèves en six classes en fonction de leur score lors d’un examen. Les lycéens ayant les meilleurs résultats iront dans la classe A où un confort maximal pour étudier est assuré tandis que ceux minimisant l’examen seront envoyés dans la classe F, la plus insalubre. Akihisa Yoshii bien qu’étant l’un des plus mauvais étudiants, espère réussir le devoir afin d’atteindre la plus haute classe possible. Cependant, lors de ce dernier, il perd du temps pour venir en aide à une de ses camarades de classe, nommée Himeji, qui finit par s’évanouir. De ce fait, Yoshii et elle se retrouvent ensemble dans la classe F. Devant l’état déplorable des conditions de travail, la classe F décide de former une rébellion à l’aide de l’ESB. Ce système propre à l'établissement permet aux élèves d’invoquer une miniaturisation d’eux-mêmes et d’affronter les classes supérieures pour échanger leur place. La force de leur invocation dépendant uniquement de leur dernier résultat aux examens, la classe F part avec un sérieux handicap dans cette bataille où tous les coups sont permis.